Tenho para mim que eles não estão mortos também.
Creio que a frase do pai de Jack foi sim uma grande pegadinha para despistar os que procuram as respostas mais óbvias.
Para mim no final da 5º no momento que a bomba foi detonada para: destruir a ilha, mudar a hístoria e evitar que todos fossem parar na ilha; criou se um universo paralelo.
Tem algo nas nuvens... deu uma photoshopada aqui pra ver se melhorava a visualização e o resultado foi:
http://img705.imageshack.us/img705/638/nuvensposter.jpg
Vou ver se acho mais alguma coisa aqui ...